Primeiro abra a imagem que você quer tornar transparente no Paint. Eu estou usando de exemplo a cereja do tutorial de pixels. Usando o balde de tinta (selecionado em vermelho), pinte o fundo sem deixar nenhum quadradinho de fora. O importante é usar pra pintar o fundo uma cor que não exista na imagem principal. Por isso escolhi esse tom de azul.

Agora, pra transformá-la num gif transparente, eu estou usando um programa chamado Gif Movie Gear, você pode fazer o download desse programa em português aqui. Abra sua imagem no Gif Movie Gear e clique com o botão direito sobre ela. Selecione a opção “Propriedades Globais do quadro”. Na janela que se abrirá, selecione marque a opção “Transparente”. Ao selecionar essa opção, uma nova janela se abrirá, mostrando todas as cores existentes na imagem. Selecione então a cor que você deseja que fique transparente (desapareça), no caso, o azul. Caso você queira que mais de uma cor na imagem fique transparente, é só selecionar o conta-gotas com um sinal de mais do lado e clicar nas cores que deseja que fiquem transparentes. Pronto! Agora a imagem tem fundo transparente. É só salvar e está pronta. A minha ficou assim:

Ainda tem alguma dúvida? Então pergunte.